Las Capillas de los Médicis son desde 1869 un museo estatal, pero su historia está estrechamente vinculada a la de la Iglesia de San Lorenzo, a la que pertenecen. El museo está constituido por la Sacristía Nueva, diseñada y concebida en su decoración escultórica por Miguel Ángel; por la Capilla de los Príncipes, monumental mausoleo de piedras duras; por la Cripta, donde están enterrados los Grandes Duques Médicis y sus familiares; y por la Cripta Lorenesa, que acoge, además de los restos mortales de la familia Lorena, el monumento fúnebre de Cosme el Viejo “Pater Patriae”. El acceso al museo es por la Cripta de bóvedas rebajadas, sostenida por anchos pilares de pietra serena. En este ambiente fueron colocados los cuerpos de los Grandes Duques Médicis y de sus familiares, iniciando por Cosme I y acabando por Gian Gastone, último granduque de la dinastía que se extinguió con Anna Maria Luisa, Electora Palatina. Obra maestra de Miguel Ángel la Sacristía Nueva fue realizada simétricamente a la Vieja a partir de 1519. El museo conserva además una parte del Tesoro de la Basílica: paramentos sagrados y magníficos relicarios.