El Jardín de la Villa que inspiró a Botticelli para las obras maestras El Nacimiento de Venus y La Primavera, puede definirse de pleno derecho como el modelo del jardín a la italiana del siglo XVI. La compleja y extraordinaria iconografía del jardín debía poner de relieve el papel pacificador y el dominio ilustrado en la Toscana del nuevo gobierno de Cosme I de Médicis. La Gruta de los Animales o del Diluvio, entre las más célebres de Europa, ideada por Tribolo, animada en su origen por espectaculares juegos de agua tiene un papel simbólico central junto con la fuente de Hércules y Anteo, realizada por Tribolo y Pierino da Vinci coronada por el grupo de bronce de Bartolomeo Ammannati. En el “selvático” de encinas, robles y cipreses se distingue la pileta-cisterna realizada por Vasari y decorada con el Apenino o Enero, escultura de bronce de Ammannati. El jardín tiene además una excepcional colección de cítricos, constituida por aproximadamente mil plantas de importancia histórico-botánica única en el mundo y descendientes de las antiguas variedades cultivadas por los Médicis con ejemplares de más de trescientos años de vida, expuestos al aire libre de abril a octubre y colocados en el periodo invernal en las dos históricas limonaie [invernaderos]. También el jardín de las plantas oficinales es una verdadera joya con la Stufa dei mugherini, que acoge el raro jazmín doble indio de Goa llamado “mugherino” [jazmín sambac], que da el nombre al invernadero del llamado “ortaccio” o Jardín secreto.