El Museo lleva el nombre de su creador Stefano Bardini (1836-1922), el más prestigioso anticuario italiano, quien tras años de intensa actividad comercial, decidió transformar su colección en museo y donarla al Ayuntamiento de Florencia. El palacio, sede del museo, fue comprado y restaurado por el mismo Bardini en 1881 para destinarlo a su actividad de anticuario. En 1922 el Ayuntamiento de Florencia entró en poder de un inmenso patrimonio, del que reconoció la importancia y el alto valor artístico, pero sin compartir la colocación que el anticuario había dado a las obras. En 1925 el Museo Bardini pasó a ser Museo municipal, y a las obras compradas por Bardini se añadieron piezas procedentes de las colecciones municipales. Entre las obras más significativas la Caridad de Tino di Camaino, la Virgen con el Niño y San Juanito de Benedetto da Maiano, el San Miguel Arcángel de Antonio del Pollaiolo, la Virgen dei Cordai de Donatello, el Atlante de Guercino junto con cerámicas, medallas, pequeñas esculturas de bronce, alfombras orientales, instrumentos musicales, raros arcones del siglo XV y una pequeña pero importantísima armería.