Il Giardino della Villa che ispirò Botticelli per i capolavori La Nascita di Venere e La Primavera, può a pieno titolo definirsi prototipo del giardino all’italiana cinquecentesco. La complessa e straordinaria iconografia del giardino doveva esaltare il ruolo pacificatore e il dominio illuminato sulla Toscana del nuovo governo di Cosimo I dei Medici. La Grotta degli Animali o del Diluvio, fra le più celebri in Europa, ideata dal Tribolo, animata in origine da spettacolari giochi d’acqua ha un ruolo simbolico centrale insieme alla fontana di Ercole e Anteo, realizzata dal Tribolo e Pierino da Vinci coronata dal gruppo bronzeo di Bartolomeo Ammannati. Nel “selvatico” di lecci, querce e cipressi si distingue la grande vasca-cisterna realizzata da Vasari e decorata dall’Appennino o Gennaio, scultura bronzea dell’Ammannati. Il giardino vanta una eccezionale collezione di agrumi, costituita da circa mille piante di importanza storico-botanica unica al mondo discendenti dalle antiche varietà medicee con esemplari di oltre trecento anni di vita, esposte all’aperto da aprile a ottobre e ricoverate nel periodo invernale nelle due storiche limonaie. Anche il giardino delle erbe officinali è un vero gioiello con la Stufa dei mugherini, che accoglie il raro gelsomino doppio indiano di Goa detto “mugherino”, che dà il nome alla serra del cosiddetto “ortaccio” o Giardino segreto.