Le MAF a été fondé à la fin du XIXe siècle pour recueillir l'héritage des collections archéologiques florentines, créées au fil des siècles par les Médicis et les Lorena. Aujourd'hui, l'exposition est structurée en trois sections principales - la Section Étrusque, la Section des Collections Anciennes et la Section du "Musée égyptien" - outre un grand jardin avec la reconstruction des tombes étrusques. La collection égyptienne, l'une des plus importantes d'Italie, comprend un chariot de chasse en bois de Thèbes, le célèbre relief de la déesse Maât, de nombreuses momies et l’un des portraits du Fayoum, ainsi qu'une grande collection de vêtements et de tissus de l'ère copte. La Section des Collections Anciennes accueille les grands bronzes de la Chimère, de l'Arringatore, de la Minerve d'Arezzo et de la tête de cheval. La Chimère, symbole du Musée, représente le monstre à trois têtes (lion, chèvre et serpent) vaincu par le héros Bellerefonte. Parmi les autres chefs-d'œuvre exposés, le Vase François, un cratère à volutes attique à figures noires du VIe siècle av. J.-C., orné de frises qui racontent les mythes grecs.