Il chiostro era l'atrio della cappella della Compagnia dei Disciplinati di San Giovanni Battista, fondata nel 1376, detta anche dello Scalzo, perché il portacroce soleva andare a piedi nudi durante le processioni. Il piccolo chiostro si deve forse al progetto di Giuliano da Sangallo. Le sue pareti furono dipinte con un ciclo di affreschi da Andrea del Sarto, che vi lavorò a più riprese fra il 1509 e il 1526. Una particolarità è la realizzazione dell’opera con l’elegante tecnica del monocromo, un chiaroscuro senza colori. Al pittore si devono sei degli otto grandi pannelli con le Storie di san Giovanni Battista e le quattro Virtù ai fianchi delle porte di accesso: Fede, Speranza, Carità e Giustizia. L'ampio arco di tempo fra un affresco e l'altro mostra l'evoluzione stilistica dell'artista e, più in generale, della pittura fiorentina di quel secolo: dal Battesimo di Cristo (1509-1510), di sobria impronta quattrocentesca, a scene sempre più concitate, come quelle del Battesimo delle Moltitudini (1517) derivate dal confronto con il dinamismo di Michelangelo, fino alle ultime raffigurazioni intense e solenni. Andrea del Sarto non fu l'unico esecutore del ciclo: in sua assenza, nel 1518-1519 vi lavorò il Franciabigio che eseguì la Benedizione di san Giovanni Battista che parte per il deserto e l'Incontro di Cristo con san Giovanni Battista.