Le cloître était l'atrium de la chapelle de la Compagnie des Disciplinés de Saint Jean-Baptiste, fondée en 1376, également connue sous le nom du Saint aux pieds nus, car le porte-croix allait pieds nus pendant les processions. Le petit cloître a probablement été conçu par Giuliano da Sangallo. Ses parois furent peintes avec un cycle de fresques par Andrea del Sarto, qui y travailla à plusieurs reprises entre 1509 et 1526. Une particularité est la réalisation de l'œuvre avec la technique élégante du monochrome, un clair-obscur sans couleurs. On doit à ce peintre six des huit grands panneaux avec les Histoires de saint Jean-Baptiste et les quatre Vertus sur les côtés des portes d'entrée: Foi, Espérance, Charité et Justice. Le vaste intervalle de temps entre les fresques montre l'évolution stylistique de l'artiste et, plus généralement, de la peinture florentine de ce siècle: du Baptême du Christ (1509-1510), avec son empreinte sobre du XVe siècle, aux scènes de plus en plus agitées, comme celles du Baptême des Multitudes (1517), issues de la comparaison avec le dynamisme de Michel-Ange, aux dernières représentations fortes et solennelles. Andrea del Sarto ne fut pas le seul exécuteur du cycle: en son absence, en 1518-1519, le Franciabigio y travailla, qui y exécuta la Bénédiction de saint Jean-Baptiste parti pour le désert et la Rencontre du Christ avec saint Jean-Baptiste.